Riksdagen har antagit miljökvalitetsmålet "Levande sjöar och vattendrag" vilket lyder:
 
"Sjöar och vattendrag skall vara ekologiskt hållbara och deras variationsrika livsmiljöer skall bevaras. Naturlig produktionsförmåga, biologisk mångfald, kulturmiljövärden samt landskapets ekologiska och vattenhushållande funktion skall bevaras samtidigt som förutsättningar för friluftsliv värnas."
 
I Bollnäs består cirka 10 procent av kommunens yta av vatten, och antalet sjöar uppgår till cirka 320 stycken. Älvarna i kommunen är i huvudsak utbyggda med kraftverk och regleringsdammar. Vattenflödet i älvarna varierar kraftigt vilket är negativt för den biologiska mångfalden. Regleringen av våra älvar har medfört att vandringsvägar för havsvandrande fiskarter, till exempel lax och ål, har stängts av.
 
Kommunen arbetar aktivt med att öka den biologiska mångfalden i våra vattendrag. Omprövning av vattendomar pågår, bland annat för att möjliggöra fiskvandring. Ett beslut angående detta bör vara möjligt år 2015.
 
Tre sjöar i Bollnäs har varit särskilt utsatta för övergödning: Vågen och Björktjäratjärn i Bollnäs tätort samt Östersjön i Rengsjö.
 
Hjälp till att förbättra vattenkvaliteten i våra vattendrag och sjöar
 
En fjärdedel av fosforn från ett hushåll kommer från tvätt- och rengöringsmedel. Du som bor i ett hushåll som inte är ansluten till ett reningsverk med fosforrening minskar enkelt din belastning på miljön genom att välja fosfatfria hushållskemikalier. De största fosformängderna kommer dock från vattentoaletterna och jordbruket. 
 
Om du har ett gammalt avloppsvattensystem bör du snarast kontakta Samhällsbyggnadskontoret för rådgivning. Från och med år 2007 pågår en inventering där målet är att alla bristfälliga enskilda avloppsanläggningar i kommunen ska inventeras och åtgärdas. Även bakterier spolas ut i våra vattenmiljöer med avloppsvattnet.
 
Inom jordbruket kan det på många ställen finnas områden kring vattenmiljöer där en skyddszon saknas. Dessutom anläggs ibland olika näringsrika deponier vid ett vattendrag. Kom exempelvis ihåg att aldrig anlägga komposter nära ett vattendrag. Vid kraftig nederbörd ”tvättas” fosforn ur och rinner rakt ner i vattendraget.
 

Vågen
 
Vågen är en liten grund sjö belägen vid södra infarten till Bollnäs tätort. Den har ett relativt stort tillrinningsområde bestående av skogsmark, åkermark och dagvatten från den omgivande stadsbebyggelsen. Tillrinnande vatten är mycket näringsrikt. Vågen har regelbundet drabbats av algblomning. Vid några tillfällen har dessa varit illaluktande och med inslag av toxiska (giftiga) blågröna alger. Vågen behöver banta istället för att gödas. Bollnäs kommun har startat ett arbete med att förbättra vattenkvaliteten i sjön. 
 
Fosfor är ett näringsämne som kan orsaka algblomning, igenväxning och syrgasbrist i våra vattenmiljöer. Vågen har en mycket högre fosforhalt än den skulle ha utan tillskott av näring från mänsklig påverkan. En mycket stor del av fosforn kommer från Myrbäcken, dess biflöden och dagvatten från stadsbebyggelsen. 
 
Internbelastningen i Vågen är mycket hög. Detta beror till mycket stor del på de sjöfåglar och vitfisk som idag finns och har funnits i Vågen. Dessa har en oerhörd förmåga att grumla upp bottensediment vilket gör att den fosfor som legat fastbunden i sedimenten frigörs. Den stora mängden vitfisk i sjön bidrar också till att masstillväxt av blågröna alger gynnas.
 
Bollnäs kommun har vidtagit åtgärder genom att inventera avlopp inom området, utfodringen för sjöfåglarna har flyttats från Vågen till Varpen och man har även investerat i en anläggning för överpumpning av Ljusnanvatten från Varpen till Vågen för att påskynda reningsprocessen i sjön. Planer finns även att öppna en fiskväg så att rovfisk fritt kan passera ut och in från Varpen till Vågen.

Björktjäratjärn
 
Björktjäratjärn är en liten men relativt djup tjärn belägen i Bollnäs tätort. Tillrinnande vatten kommer till stor del från åkermark och från den omgivande stadsbebyggelsen. Vattnet är mycket näringsrikt och dessutom sker en rundgång av näringsämnen i sjön under de perioder av syrebrist som uppträder under två perioder varje år. 
 
Vissa åtgärder har vidtagits för att förbättra tillståndet i sjön. Vid perioderna med syrebrist som inträffar på vintern och sensommaren finns inget eller nästan inget syre från botten och upp till 2-4 meter från ytan. Under nivån 2-4 meter kan alltså inga fiskar eller andra djur som behöver syre leva under dessa perioder. Syrebristen medför dessutom att ytterligare växtnäring frigörs och svavelväte bildas.

Östersjön
 
Intill Rengsjö samhälle ligger Östersjön. Till Östersjön har avloppsvatten från en fabrik för tillverkning av boardskivor släppts ut. Avloppsvattnet innehöll förutom fibrer även arsenik som nu finns upplagrat i sedimenten i sjön. Tillverkningen upphörde för cirka 40 år sedan men föroreningarna finns kvar. Sedan några år tillbaka mäts arsenikhalten i bottenvattnet regelbundet. Halterna är låga till måttliga. Även fisken i sjön har undersökts och arsenikhalterna är mycket låga.
 
Samhällsbyggnadskontoret fick år 2000 statsbidrag för att komplettera mätningarna bland annat med en noggrannare kartläggning av var i sjön förorenade sediment finns och om föroreningar finns lagrade i marken på den före detta industritomten. Undersökningen genomfördes under hösten och vintern 2000-2001 av Geosigma AB. Undersökningen omfattade en bassäng inne i byggnaden, mark och grundvatten runt fabriken, ytvatten i bäckar till och från Östersjön, sediment i sjön samt muddermassor i utloppsbäcken från sjön. Undersökningen visade att sedimenten i sjön är förorenade av arsenik men att dessa successivt överlagras med renare sediment.
 
Riskerna som är förenade med en sanering bedöms som så stora att det är bättre för miljön att låta sedimenten ligga kvar och på naturlig väg fortsätta att överlagras av rena sediment. Marken inom det före detta industriområdet var förhållandevis lite förorenad och bedömningen är att med nuvarande markanvändning behöver inga åtgärder vidtas. Grundvattnet är inte påverkat av verksamheten. (hela rapporten i pdf-format kan läsas här)  Kompletterande undersökningar kommer att göras av åkermark runt utloppsbäcken och av sediment i densamma.